Σε πλήρη εξέλιξη, με τη συμμετοχή εκατοντάδων εξωτερικών αξιολογητών, βρίσκεται η διαδικασίας αξιολόγησης των αιτήσεων που κατατέθηκαν στα ΠΕΠ του ΕΣΠΑ στο σύνολο των Περιφερειών της χώρας. Τη διαδικασία διαχειρίζονται οι εταίροι του ΕΦΕΠΑΕ ανά τη χώρα, η ΕΛΑΝΕΤ για τις Περιφέρειες Αττικής, Βορείου και Νοτίου Αιγαίου. 

Η αξιολόγηση των 23.000 αιτήσεων στο ΕΣΠΑ ξεκίνησε την πρώτη εβδομάδα του Ιουλίου και εξελίσσεται σύμφωνα με τον αρχικό προγραμματισμό, σύμφωνα με ανακοίνωση του υπουργείου Ανάπτυξης. Το γεγονός αυτό σημαίνει ότι, σύμφωνα με τις εκτιμήσεις του Υπουργείου, οι εκταμιεύσεις των επιδοτήσεων για τις επενδύσεις που τελικά θα ενταχθούν στο πρόγραμμα θα ξεκινήσουν από τις αρχές Οκτωβρίου.

Μέχρι τώρα έχει ήδη ολοκληρωθεί η αξιολόγηση για 15.000 από τις 23.000 προτάσεις που είχαν υποβληθεί. Οι προτάσεις αυτές βρίσκονται τώρα στο στάδιο σύνταξης της εισήγησης προς τις επιτροπές που έχουν συγκροτηθεί ανά Περιφέρεια. Οι επιτροπές γνωμοδοτούν προς το υπουργείο Ανάπτυξης για τη σειρά κατάταξης των προτάσεων, από όπου προκύπτει η ένταξή τους ή μη στο πρόγραμμα.

Οι υπόλοιπες 8.000 αιτήσεις βρίσκονται στο στάδιο της πρώτης, δεύτερης ή τρίτης (όπου χρειάζεται) αξιολόγησης. Οι γνωμοδοτήσεις των επιτροπών προς το υπουργείο από όλες τις Περιφέρειες αναμένονται προς το τέλος Σεπτεμβρίου. Η τελική απόφαση του υπουργείου Ανάπτυξης, η οποία θα περιλαμβάνει τις προτάσεις που εντάσσονται στο πρόγραμμα αναμένεται να εκδοθεί αμέσως μετά.

Από τις αρχές Οκτωβρίου οι επενδυτές θα μπορούν να εισπράττουν προκαταβολές ή, για τις περιπτώσεις που έχουν ήδη προχωρήσει σε δαπάνες στο πλαίσιο του έργου, θα μπορούν να ζητήσουν την πιστοποίησή τους προκειμένου να εισπράξουν τις ανάλογες επιδοτήσεις.